L’influence de l’Union européenne sur les systèmes de protection internationale et d’accueil des États membres devient de plus en plus importante. Entre 1999 et 2005, plusieurs mesures législatives ont été prises pour harmoniser les politiques de protection internationale dans l’Union européenne et la solidarité financière entre Etats membres a été renforcée au travers de la création de fonds spécifiques. 

Fedasil s’investit toujours plus dans les différents développements au niveau européen qui ont une influence sur les compétences propres de l’Agence. Cela concerne en premier lieu l’accueil, le retour volontaire, le soutien à la réintégration dans le pays d’origine, ou encore la réinstallation de réfugiés. Au niveau international, la collaboration avec, d’une part, d’autres pays européens, et, d’autre part, les pays de retour et de transit a été étendue.

L’européanisation et l’internationalisation se constatent de plus en plus dans la composition du budget de Fedasil tandis que la part de financement européen s’accroît régulièrement.