De invloed van de Europese Unie op de systemen van de lidstaten voor internationale bescherming en opvang neemt steeds toe. Tussen 1999 en 2005 zijn er verschillende wettelijke maatregelen genomen om de internationale bescherming binnen de Europese Unie te harmoniseren en de financiële solidariteit tussen de lidstaten werd versterkt door specifieke fondsen in het leven te roepen. 

Fedasil legt zich steeds meer toe op de verschillende ontwikkelingen op Europees niveau die een invloed hebben op de eigen bevoegdheden van het Agentschap. Het betreft in de eerste plaats de opvang, de vrijwillige terugkeer en de begeleiding bij de re-integratie in het land van herkomst, of de hervestiging van vluchtelingen. Op internationaal niveau werd de samenwerking met enerzijds andere Europese landen en anderzijds de terugkeerlanden en transitlanden verder uitgebreid.

De europeanisering en internationalisering tonen zich steeds meer in de samenstelling van het budget van Fedasil en de Europese financiering wordt steeds groter.